Die Informatica Feminale entstand im Kontext der Debatte um Frauenuniversitäten in Deutschland. Nach einer Studie zum Interesse von Informatikstudentinnen an monoedukativer Lehre in der Universität Bremen entwickelten Rosemarie Callies, Veronika Oechtering und Ingrid Rügge im Jahre 1992 die Idee, die damals immer weniger werdenden Informatikstudentinnen in einem hochschulübergreifenden Sommerstudium zusammen zu holen. Zugleich sollten Fachfrauen aus Wissenschaft und Praxis als Dozentinnen sichtbar gemacht werden und in Diskursen unter Frauen curriculare Veränderungen des Informatikstudiums theoretisch analysiert sowie neue Konzepte praktisch erprobt werden.
Die Idee wurde unter Informatikerinnen begeistert aufgenommen, doch bis zur Realisierung war viel Geduld nötig. Erst im Mai 1997 startete das Projekt Informatica Feminale am Studiengang Informatik der Universität Bremen unter der Leitung von Prof. Dr. Hans-Jörg Kreowski. Als wissenschaftliche Mitarbeiterinnen waren die Informatikerinnen Veronika Oechtering, Ingrid Rügge und Dr. Karin Vosseberg im Projekt tätig. Bis Ende 2000 wurde es von der Universität Bremen im Rahmen des Hochschulsonderprogramms (HSP) III gefördert.
Seit Anfang 2001 gehört die Informatica Feminale zum regulären Angebot des universitären Informatikstudiengangs in Bremen. Bis heute ist es bundesweit das einzige reguläre monoedukative Studienangebot in einem naturwissenschaftlich-technischen Fach einer Universität.